ยังไม่มีหลักฐานที่แน่ชัดว่ามีการนำมะละกอดิบมาปรุงเป็นส้มตำเป็นครั้ง แรกเมื่อใด อย่างไรก็ตามเมื่อพิจารณาถึงที่มาของส่วนประกอบต่างๆ ของส้มตำ อาจได้ข้อมูลเบื้องต้นเพื่อประกอบการสันนิษฐานถึงที่มาของส้มตำได้

มะละกอเป็นพืชที่มีถิ่นกำเนิดในอเมริกากลางและถูกนำ เข้ามาปลูกในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้โดยชาวสเปนและโปรตุเกส ในยุคต้นของกรุงศรีอยุธยา ในขณะที่พริกอาจถูกนำเข้ามาเผยแพร่โดยชาวฮอลันดาในช่วงเวลาต่อมา

ในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช มีทูตชาวฝรั่งเศสผู้มาเยือนกรุงศรีอยุธยา คือ นิโคลาส์ แชรแวส และ เดอ ลาลูแบร์ ต่างได้พรรณาว่าในเวลานั้นมะละกอได้กลายเป็นพืชพื้นเมืองชนิดหนึ่งของสยามไปแล้วและได้กล่าวถึง กระเทียม มะนาว มะม่วง กุ้งแห้ง ปลาร้า ปลากรอบ กล้วย น้ำตาล แตงกวา พริกไทย ถั่วชนิดต่างๆ ที่ล้วนสามารถใช้เป็นส่วนประกอบสำหรับปรุงส้มตำได้ ขณะเดียวกันได้เขียนว่า ในขณะนั้นสยามไม่มี กะหล่ำปลี และ ชาวสยามนิยมบริโภคข้าวสวย อย่างไรก็ตามไม่มีการกล่าวถึง มะเขือเทศ และ พริกสด แต่อย่างใด

ในปัจจุบัน ส้มตำเป็นอาหารที่แพร่หลายและนิยมรับประทานทุกภาคของประเทศไทย และยังเป็นอาหารไทยที่ขึ้นหน้าขึ้นตาต่อชาวโลกอีกด้วย